Η βιβλιοθήκη του μουσείου λειτουργεί ως αναπόσπαστο τμήμα της αίθουσας περιβαλλοντικής αγωγής αλλά διατηρεί και την δυνατότητα αυτόνομης λειτουργίας για το γενικό κοινό.

Σκοποί της βιβλιοθήκης είναι:

• Η συλλογή βιβλιογραφικών δεδομένων και η δημιουργία ηλεκτρονικής βάσης δεδομένων για το περιβάλλον και την βιοποικιλότητα.
• Η υποστήριξη των εκπαιδευτικών και ερευνητικών δραστηριοτήτων.
• Η παροχή πληροφοριακών υπηρεσιών.
• Ο εμπλουτισμός της βιβλιοθήκης γίνεται με αγορά είτε με δωρεές. Η βιβλιοθήκη του μουσείου περιλαμβάνει περίπου 1.200 τίτλους βιβλίων, περίπου 600 DVD και CD Rom για το περιβάλλον και περιοδικά.