• Συλλογές – Τμήματα
• Τα οικοσυστήματα της ζακύνθου
• Εισαγωγή
• Τα δασικά οικοσυστήματα
• Οι αγροί και οι καλλιέργειες
• Οι ελαιώνες
• Οι υγρότοποι
• Θαμνότοποι και βράχια
• Φωλιές των πουλιών
• Παράκτια οικοσυστήματα
• Τα Στροφάδια

Πληροφορίες για τα οικοσυστήματα και ζώα των 5 ηπείρων με πραγματικά δείγματα και ειδικές πληροφορίες για τα εκτιθέμενα είδη ζώων.

Τα γεγονότα σταθμός στην εξέλιξη των οργανισμών. Εισαγωγή στα απολιθώματα, τι είναι απολίθωμα πως συμβαίνει η απολίθωση και η ιστορία της ζωής και την εξέλιξη αυτής από το προ κάμβριο μέχρι σήμερα.

3000 θαλάσσιοι οργανισμοί και από τις επτά θάλασσες του κόσμου, σπόγγοι, κοράλλια, σχοινοειδή, αστερίες, κοχύλια, δεκάποδα καρκινοειδή, καρχαρίες, παράξενα ψάρια, σαλιγκάρια (χερσαία, λιμναία), θαλάσσια χελώνα (carreta - carreta ).
Τα εκθέματα είναι τοποθετημένα με βάση την συστηματική τους κατάταξη κατά οικογένειες, συνοδεύονται από κείμενα και φωτογραφίες ώστε να πληροφορούν το κοινό για την ζωή στη θάλασσα.
Συλλογή πετρωμάτων
Περιλαμβάνει πετρώματα από την Ζάκυνθο, την Ελλάδα γενικότερα και δείγματα από όλον τον κόσμο.

Ο επισκέπτης εδώ θα θαυμάσει 2.500 είδη πεταλούδας και νυχτοπεταλούδας από όλον τον κόσμο, επίσης σκαθάρια, μέλισσες, ακρίδες κ.λπ.

Σε ολόκληρο τον κόσμο έχουν καταγραφεί περίπου 8.700 είδη πουλιών από τα οποία τα 475 είδη έχουν παρατηρηθεί στην Ευρώπη , ενώ στην Ελλάδα απαντώνται 436 είδη. Η χώρα μας είναι πολύ σημαντική τόσο ως δίοδος όσο και ως σταθμός αναπαύσεως των μεταναστευτικών πτηνών. Στο νησί μας δε ένα πολύ μεγάλο ποσοστό απ΄αυτά το χρησιμοποιούν σαν δίοδο για την κεντρική Ευρώπη. Στον πρώτο σταθμό είναι τα νησάκια των Στροφάδιων όπου δικαίως έχουν χαρακτηρισθεί σαν τα Καλαπάγκος της Μεσογείου.
Το μουσείο διαθέτει μια πλούσια συλλογή με 850 είδη πουλιών από όλον τον κόσμο.