Οργανώνονται και παράγονται εκπαιδευτικά προγράμματα που απευθύνονται σε διαφορετικές ομάδες ηλικιών παιδιών.

Η θεματολογία που επιλέγεται για κάθε εκπαιδευτικό πρόγραμμα πηγάζει από τις ενότητες του Μ.Χ.Φ.Ι., ώστε να επιτυγχάνεται και η αλληλεπίδραση των παιδιών με τα εκθέματα.

Τα υλικά των εκπαιδευτικών προγραμμάτων οργανώνονται κατάλληλα ώστε τα προγράμματα να αποτελούν:

• Βάση γνωριμίας με το φυσικό περιβάλλον της Ζακύνθου.
• Μοχλό ευαισθητοποίησης σε ζητήματα προστασίας της ελληνικής φυσικής και πολιτιστικής κληρονομιάς, και εξοικείωσης με την αρχή της αειφόρου/βιώσιμης ανάπτυξης.

Τα εκπαιδευτικά προγράμματα αξιοποιούν όχι μόνο τις αίθουσες έκθεσης (αλληλεπίδραση με τα εκθέματα) αλλά και τις οπτικοακουστικές εγκαταστάσεις της αίθουσας παρουσιάσεων/προβολών.

Πρόκειται για εκθεματικές επιφάνειες και κατασκευές που απευθύνονται στα παιδιά με στόχο να εμπλουτίσουν, με ευχάριστο τρόπο, τις γνώσεις τους γύρω από στοιχεία του φυσικού περιβάλλοντος. Σ’ αυτές προτείνονται διάφορες δραστηριότητες στο πεδίο, τις οποίες τα παιδιά μπορούν να εκτελέσουν είτε μόνα τους είτε ομαδικά.

Τα θέματα αντλούνται από τα εκθέματα του Μουσείου.

Ενδεικτικά, αναφέρονται ως θέματα:

• Τα κοχύλια
• Η χελώνα Καρέτα
• Η επαφή μου με τη φύση

• ΠΑΙΧΝΙΔΙ ΜΕ ΠΑΖΛ ΓΙΑ ΤΑ ΖΩΑ ΤΟΥ ΚΟΣΜΟΥ
• ΕΞΕΡΕΥΝΟΝΤΑΣ ΤΟ ΔΙΚΟ ΜΑΣ ΒΙΟΤΟΠΟ
• ΑΣ ΜΙΛΗΣΟΥΜΕ ΓΙΑ ΤΑ ΖΩΑ
• ΕΛΑΤΕ ΝΑ ΜΙΛΗΣΟΥΜΕ ΓΙΑ ΤΗ ΦΥΣΗ ΤΗΣ ΖΑΚΥΝΘΟΥ